כבר הובא כי לדעת רבינו מרן הגרי"ש אלישיב זצוק"ל, היתר עשיית מלאכות דרבנן במקום פסידא של הפירות, אינו אלא אם יפסדו הפירות לאכילה, אבל אין להתיר לבצע מלאכה שמטרתה להכשיר אתרוגים כשרים למצוה. אמנם מרנן הגרש"ז אויערבאך זצוק"ל ולהבחל"ח הגרש"ה ואזנר והגר"נ קרליץ שליט"א ס"ל דהאתרוג עומד לשימוש זה של מצוה ואם יפסל הרי זה הפסד מוחלט, ולכן לדעתם בכה"ג יהא מותר לבצע מלאכות דרבנן. וכנ"ל רק לצורך כשרות האתרוג ולא לצורך הידורו.
אמנם למרות שדעתו של מרן רבינו זצוק"ל חלוקה עליהם, הרי שבדיעבד הסכים מרן רבינו זצוק"ל שיעשו אוצר בי"ד לאתרוגים כהלכה, ושליחיו יבצעו אף מלאכות שתכליתן שיהא האתרוג ראוי למצוה. וזאת משני טעמים, האחד כי היה למרן רבינו צד שיתכן ומותר לבצע מלאכה לצורך מצוה (ראה מ"ש בקובץ תשובות ח"א סי' רלא ד"ה אולם – להזהיר מביצוע מלאכות "על מנת שיהיה האתרוג ראוי למצוותו בלא פגם", וניתן לדייק שזו אזהרה שלא לבצע מלאכות לצורך הידור), והשני כי סבר שאפשר להסתמך על דעת שאר גדולי ישראל, ורצוי להקים אוצר בי"ד שיפעל כהלכה בכדי שלא יוקמו אוצרות בי"ד שאינם כהלכה, שפעולתם תכשיל את הציבור באתרוגים שהם שמורים ונעבדים.
ולכתחילה סבר מרן רבינו זצוק"ל שיש להקים אוצר בי"ד לאתרוגים לצורך אכילת הפרי ויקפידו לעשות רק מלאכות דרבנן המותרות (למעשה, יתירו רק מלאכות שנעשות בשאר פרי הדר). ולדעתו בית דין שיפעל כן, פועל לכתחילה וכהלכה. וכשהועלתה לפניו הטענה שהרי אין הציבור משתמש בפרי האתרוג לאכילה, ואם כן היאך יעשו מלאכות לשם כך, השיב מרן רבינו זצוק"ל (בחוהמ"ס תשנ"ח) שעדיין יש מיעוט שמשתמש בפרי לאכילה, ולכן מותר לעשות בהם את המלאכות לצורך אכילה. והוסיף מרן רבינו ואמר שראוי לעורר את הציבור לאכול את האתרוגים שהיו באוצר בי"ד אחר חג הסוכות דלצורך זה הותרו המלאכות שנעשו בהם.
אמנם עפ"י האמור לעיל, שלדעת מרן רבינו זצוק"ל על בית דין באתרוגים להתיר רק מלאכות לצורך הפרי ולא לצורך מצוה (מחוץ ליוצאים מן הכלל), ואף בגביית ההוצאות פקפק אם יכול בי"ד לגבות הוצאות לפני הקטיף שאינו לצורך פרי לאכילה הרי בעוניי חשבתי שקשה מאד להשתתף בבית דין לאתרוגים, מכיון והנסיון הורה שבתי הדין – גם אותם שהם בפיקוח ת"ח חשובים – מורים לעשות מלאכות לצורך מצוה, וכאמור, מהנהגה זו אין דעת רבינו נוחה (אמנם להלן יפורטו מלאכות שרבינו זצוק"ל ס"ל דמותר לעשותם) ואם יוקם בית דין שילך בדרכו של מרן רבינו זצוק"ל ויעשו רק מלאכות שיהא הפרי ראוי לאכילה, הרי במבחן המעשי לא יהיו הרבה אתרוגים כשרים ליטלם בחג, ואפילו אם יהיו כשרים, הציבור לא יטלם, כי גם בשנת השמיטה הוא מחפש אתרוג נאה, ואם כן לא יהיו מספיק אתרוגים בכדי לכסות את העלויות של הבי"ד.
(מתוך הספר ישא יוסף ח"ה – שביעית)
