תלמידי חכמים עוסקים יומם וליל בלימוד מעמיק ושיטתי של סוגיות שונות מסדר זרעים במגוון הכוללים של בית המדרש ברחבי הארץ.
קרן המעשרות של בית המדרש להלכה בהתיישבות מאפשרת לכל אדם לחלל את המעשר שני על פרוטה באופן פשוט ע"י אמירת נוסח ההפרשה המקובל.
הקרן מנוהלת ע"י הגאון רבי שאול רייכנברג שליט"א.
בית המדרש מפעיל מרכז מידע ובית הוראה המאויש לאורך שעות היממה ומספק מענה לאלפי פונים בשאלות הלכתיות ומעשיות במהלך השנה.
הוצאה לאור של כתבי עת תורניים וספרות הלכתית ענפה בנושאי המצוות התלויות בארץ, המוציאה לאור ספרים שונים ופרסמים הלכתיים לכלל הציבור הרחב. אלו עוסקים בחידושים בתחום החקלאות, הנחיות לבעלי מקצוע ולבעלי גינות פרטיות, שאלות ותשובות בנושאים הלכתיים שונים ועוד.
על מנת להנחיל את ערכי המצוות התלויות בארץ ופרטי הלכותיהן לתלמידי מערכת החינוך, עוסק בית המדרש בכתיבת תכניות לימודיות ובהפקת עזרי לימוד בתחומים אלה.
בית המדרש מעסיק אגרונומים מקצועיים שתרומתם ללימוד פרטי ההלכות של המצוות התלויות בארץ לא יסולא מפז. אלו מספקים ידע רב הדרוש ללימוד התורני.