כן, אפשר להפריש תרומות ומעשרות מאתרוג מורכב על אתרוג שאינו מורכב. הדין מאפשר הפרשה מאחד על השני.
אפשר להפריש מאחד על השני. (משפטי ארץ תרומות ח, ד) אף שלעניין מצות נטילת לולב דעת הרבה מן הפוסקים שאין יוצאים ידי חובה, מכל מקום כתב החזון איש (כלאים ג סק' ז), שאתרוג המורכב עם לימון אינו כלאים עם אתרוג שאינו מורכב כיון שהפירות דומים דמיון גמור, ולעניין נטילת לולב זהו דין אחר. אמנם עין עוד חזון איש (כלאים ב סק טו ובשו"ת הר צבי סי עח) שנסתפק בדבר עיון שאתרוג המורכב יש בו חלק ממין אחר.
כן, אתרוג מורכב חייב בהפרשת תרומות ומעשרות ככל פרי אחר. ישנם דיונים הלכתיים בנוגע למעמדו, אך לעניין חיוב הפרשה, הוא נחשב כפרי לכל דבר.
הפרשת תרומות ומעשרות מאתרוג מורכב נעשית באותו אופן כפי שמפרישים מכל פרי אחר. יש לומר את נוסח ההפרשה המקובל ולייחד חלק מהפרי לתרומות ומעשרות.
מבחינת חיוב הפרשת תרומות ומעשרות, אין הבדל מהותי בין אתרוג מורכב לרגיל. עם זאת, קיימות דעות שונות לגבי כשרותו לנטילה בחג הסוכות, אך זה אינו משפיע על חיוב ההפרשה.
