תשובת רבני בית המדרש היא שבדרך כלל אין להפריש תרומות ומעשרות מקליפות שאינן ראויות לאכילה על הפרי עצמו. ההפרשה צריכה להיעשות מדבר שווה או טוב יותר, וקליפות נחשבות בדרך כלל כפסולת לעניין זה.
הפרשת תרומות ומעשרות היא מצווה חשובה התלויה בארץ ישראל, המבטאת את הכרת הטוב לקב"ה על יבול הארץ. היא מבטיחה קדושה לפירות ומאפשרת את אכילתם על פי ההלכה.
באתר בית המדרש להלכה בהתיישבות קיימים מדריכים מפורטים, נוסחאות הפרשה, ומידע על הצטרפות לקרן המעשרות, המסייעים בביצוע המצווה כהלכתה.