על מנת להנחיל את ערכי המצוות התלויות בארץ ואת הלכותיהן לתלמידי מערכת החינוך, הוקם בבית המדרש מרכז חינוכי פורץ דרך – "אמונת ארץ".
המרכז הינו מרכז למידה חווייתי שכולל אגפים שונים – בכל אחד מהם ניתן ביטוי למצווה אחרת: תרומות ומעשרות, שמיטה, כלאיים ועוד. הביקור במרכז משלב למידה מעמיקה מתוך הנאה רבה ושימוש בכלים טכנולוגיים מתקדמים.
בנוסף, עמל צוות אגף החינוך על פיתוח ועל הפעלת תכניות חינוכיות נוספות שמועברות הן במרכז הלמידה והן בבתי הספר. בין אלו ניתן למנות את תכנית 'ארץ חמדה' – סדרת שיעורים בלמידה מרחוק המועברת לאורך השנה בבתי ספר ברחבי העולם, מערכי לימוד לתלמידים ולמורים, מגוון סיורים לימודיים המשלבים מפגש עם השטח החקלאי ואף עם חקלאים ועוד.