בעת קצירת חיטים המיועדות לאפיית מצות, יש להקפיד על כמה דברים הנוגעים לדיני הפרשת תרומות ומעשרות.
א. חשש תערובת מינים אחרים
בשדות החיטה מצויים לעיתים מינים נוספים, כגון עשבי בר או דגנים שנשארו מזריעה של שנים קודמות ומשדות סמוכים. באופן שיש תערובת של מינים אחרים בתוך החיטה צריך לוודא שבהפרשה יהיה בידו מכל מין כפי האחוז שיש בתערובת כיוון שאין מפרישים מין על שאינו מינו ואם יעלה בידו במקום חיטה דגן אחר נמצא שהוא מיעט בשיעור הפרשת התרומה של החיטה והחיטה נשארה בטבלה.
בקצירה ממוכנת מופרדים המינים על ידי מכונות מיון, אך בקצירת יד של חבורה אין מיון מאוחר, לפיכך, יש להשגיח היטב בשעת הקצירה שלא יתערבו מינים אחרים בחיטה.
ב. הפרשה מאזורים שונים בארץ
אין מפרישים מן החיוב על הפטור, וכן אין מפרישים מדרגת חיוב אחת על חברתה (כגון 'חד דרבנן' על 'תרי דרבנן'), אף שבימינו כל החיוב הוא מדרבנן.
משום כך אין להפריש מגידולים שבשטח שכבשו עולי בבל על גידולים שבשטח עולי מצרים בלבד, שכן עולי מצרים נחשב כ'פטור' לעומת עולי בבל.
לעיתים מערבים חיטים משדות שונים בשל גיוון זנים או מחסור בכמות. במקרים אלו, יש להקפיד שלא להפריש מאזור אחד על חברו.
חיטי החבורות מגיעות מאזורים שונים (שעלבים, עוטף עזה, בית שאן ורמת הגולן). מאחר שחלקם נחשבים ככיבוש עולי מצרים וחלקם ספק, אין להפריש מאזור אחד על משנהו. באזור בית שאן, שבו קיים ספק בקו הגבול, אין להפריש משדה לשדה, אך בתוך אותו שדה סומכים על כך שהתחום אינו עובר באמצעו.
ג. הפרשה משנה על חברתה
אין מפרישים מתבואת שנה אחת על תבואת שנה אחרת. לכן, יש לציין על גבי השקים את שנת הקציר כדי למנוע מכשול בעת ההפרשה.
ד. הפרשה מ'לקוח' על שאינו 'לקוח'
מן התורה חייב בעל השדה להפריש מתבואתו ("תבואת זרעך"), אך הקונה ("לוקח") פטור. לדעת הרמב"ם, אם גמר המלאכה נעשה על דעת למכור לאחרים, הפירות פטורים מן התורה.
גמר מלאכה בחבורה: כאשר אחד מבני החבורה הוא הבעלים והשאר קונים ממנו מצות, כשהוא עושה גמר מלאכה חלק מהחיטה מיועד לעצמו וחלק למכירה. א"כ נוצר כאן הבדל בדרגת החיוב בין ה'לקוח' לבין החלק שאינו 'לקוח'. ואי אפשר להפריש מהתבואה משום שלא ברור מה חלקו ומה החלק שעומד למכירה. במקרה זה צריך להקנות את כל החיטים לאדם חיצוני קודם גמר המלאכה, כך שהכל ייחשב כ'לקוח' ודרגת החיוב תהיה שווה.
במקרה שבני החבורה שותפים מתחילה, צריך להפריש קודם החלוקה משום שלאחר חלוקה יש כאן ספק אם החלק שהגיע לכל אחד הוא חלקו המקורי או שהוא לקוח ושמא חלק ממה שהגיע הוא חלקו המקורי וחלק הוא לקוח ואין אפשרות לתקנו.
ה. הכנסת התבואה לבית קודם גמר מלאכה
תבואה שהוכנסה לבית קודם גמר מלאכתה, נחלקו בה הראשונים אם היא פטורה מתרו"מ לגמרי.לכן אם הכניסו את השקים למקום שמוגדר 'בית', ואחר כך עשו גמר מלאכה בהפרדת המוץ יפריש בלא ברכה. אם הוכנסו למחסן שאינו למגורים, ניתן להפריש בברכה.